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| 書類名 | 部数 | 備考 |
| 特定動物飼養・保管許可申請書 | 2 | 種類ごとに必要 |
| 飼養施設の構造及び規模を示す図面 | 1 | − |
| 飼養施設付近の見取図 | 1 | − |
| 飼養施設の写真 | 1 | − |
| 申請者が動物愛護法27条に該当しないことを説明する書類 | 1 | − |
| 個体識別(規則第21条3号)をしているときはその書類 | 1 | − |
| 登記事項証明書 | 1 | 3ヶ月以内に取得したもの(法人の場合に必要) |
| 役員の氏名及び住所一覧 | 1 | 法人の場合に必要 |

| 書類名 | 部数 | 備考 |
| 特定動物識別措置実施届出書書 | 2 | − |
| 飼個体識別措置証明書 | 1 | 任意の書類 |

| 1) 霊長目 | |
| おまきざる科 | ホエザル属全種、クモザル属全種、ウーリークモザル属全種、ウーリーモンキー属全種 |
| おながざる科 | マカク属全種(タイワンザル、カニクイザル、アカゲザルを除く。)、マンガベイ属全種、ヒヒ属全種、マンドリル属全種、ゲラダヒヒ属全種、オナガザル属全種、パタスモンキー属全種、コロブス属全種、プロコロブス属全種、ドゥクモンキー属全種、コバナテングザル属全種、テングザル属全種、リーフモンキー属全種 |
| てながざる科 | てながざる科全種 |
| ひと科 | オランウータン属全種、チンパンジー属全種、ゴリラ属全種 |
| 2) 食肉目 | |
| いぬ科 | イヌ属のうちヨコスジジャッカル、キンイロジャッカル、コヨーテ、タイリクオオカミ、セグロジャッカル、アメリカアカオオカミ及びアビシニアジャッカル、タテガミオオカミ属全種、ドール属全種、リカオン属全種 |
| くま科 | くま科全種 |
| ハイエナ科 | ハイエナ科全種 |
| ねこ科 | ネコ属のうちアフリカゴールデンキャット、カラカル、ジャングルキャット、ピューマ、オセロット、サーバル、アジアゴールデンキャット、スナドリネコ及びジャガランディ、オオヤマネコ属全種、ヒョウ属全種、ウンピョウ属全種、チーター属全種 |
| 3) 長鼻目 | |
| ぞう科 | ぞう科全種 |
| 4) 奇蹄目 | |
| さい科 | さい科全種 |
| 5) 偶蹄目 | |
| かば科 | かば科全種 |
| きりん科 | キリン属全種 |
| うし科 | アフリカスイギュウ属全種、バイソン属全種 |
| 1) だちょう目 | |
| ひくいどり科 | ひくいどり科全種 |
| 2) たか目 | |
| コンドル科 | カリフォルニアコンドル、コンドル、トキイロコンドル |
| たか科 | オジロワシ、ハクトウワシ、オオワシ、ヒゲワシ、コシジロハゲワシ、マダラハゲワシ、クロハゲワシ、ミミヒダハゲワシ、ヒメオウギワシ、オウギワシ、パプアオウギワシ、フィリピンワシ、イヌワシ、オナガイヌワシ、コシジロイヌワシ、カンムリクマタカ、ゴマバラワシ |
| 1) かめ目 | |
| かみつきがめ科 | かみつきがめ科全種(カミツキガメを除く。) |
| 2) とかげ目 | |
| どくとかげ科 | どくとかげ科全種 |
| おおとかげ科 | ハナブトオオトカゲ、コモドオオトカゲ |
| ボア科 | ボアコンストリクター、アナコンダ、アメジストニシキヘビ、インドニシキヘビ、アミメニシキヘビ、アフリカニシキヘビ |
| なみへび科 | ブームスラング属全種、アフリカツルヘビ属全種、ヤマカガシ属全種、タチメニス属全種 |
| コブラ科 | コブラ科全種 |
| くさりへび科 | くさりへび科全種(タイワンマムシを除く。) |
| 3) わに目 | |
| アリゲーター科 | アリゲーター科全種 |
| クロコダイル科 | クロコダイル科全種 |
| ガビアル科 | ガビアル科全種 |